ビオトープ（Biotop、ドイツ語）は、バイオトープ（biotope、英語）とも表記し、生物群集の生息空間を示す言葉である。日本語でもカタカナのまま用いられるが、あえて訳す場合は生物空間、もしくは生物生息空間とされる。語源はギリシア語からの造語で、「bio（いのち）+topos（場所）」である。
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ビオトープとは生物の住息環境を意味する生物学の用語であるが、前述の通りドイツで生まれた概念であり、ドイツ連邦自然保護局ではビオトープを有機的に結びついた生物群。すなわち生物社会（一定の組み合わせの種によって構成される生物群集）の生息空間と位置づけている。別の表現をするならば「周辺地域から明確に区分できる性質を持った生息環境の地理的最小単位」であり、生態系とはこの点で区別される。つまり、ビオトープ（環境）とその中で生息する生物群集（中身）によって、生態系は構成されていると言うこともできる。日本においても自治体が行う事業に「ビオトープ」という語を用いる場合にはこういった発想が一般に援用されている。
日本においては、家庭内で構築する「ビオトープ」を指す用法も多く見られる。この場合のビオトープは、植物や小魚から生まれる老廃物などの物質循環をおおよそその飼育環境内で成立させる事を目的とすることからつけられた名称である。例えば睡蓮を鉢で育てる場合にそれに伴う水の汚れをメダカ等小魚を共生させる事で防ぎ、小魚の食べ残しや死骸などをヤマトヌマエビ・ミナミヌマエビ等を住まわせる事で処理するといった環境である。構築の容易さから水をためた容器に植物や魚類などを配した飼育環境をよぶことが多い。
これがさらに転じて、庭に水草栽培セットを持ち出すものをビオトープという例が出てきた。園芸店などには、ビオトープセットと称して単なる水草栽培を意味する場合もあり、必ずしも物質循環や生態系の安定性を意図しないものも見られる。